Berdirinya Institut Agama Islam Sultan Muhammad Syafiuddin Sambas bermula dari dibukanya program Studi Bimbingan dan Penyuluhan Islam (BPI) Jurusan Dakwah STAIN Pontianak di Sambas pada Tahun Akademik 2002/2003. Tahun pertama jumlah mahasiswa yang mendaftar kurang lebih 26 orang, sedangkan tahun kedua jumlah mahasiswa berjumlah 60 orang. Selaku pengelola langsung ditangani oleh Ketua Jurusan Dakwah Drs. Munawar, M.Si bekerja sama dengan Depag Kabupaten Sambas dan PEMDA Kabupaten Sambas. Pada Tahun Akademik 2003/2004, atas inisiatif Ketua Jurusan Dakwah yang didukung penuh oleh Bupati Sambas, maka dibentuklah tim Khusus Persiapan Pembentukan STAI Sambas. Setelah melakukan studi kelayakan, penelitian, lobi dan seminar tepat padatanggal 1 Juli 2004 berdirilah Sekolah Tinggi Agama Islam Sultan Muhamad Syafiuddin Sambas melalui Surat Keputusan Ketua Yayasan Pendidikan Islam Syafiuddin (YAPIS) Pontianak. Setelah berpisah dengan STAIN Pontianak, Tahun Akademik 2004/2005 STAI Sambas resmi berdiri sendiri dengan status terdaftar berdasarkan Rekomendasi Kopertais Wil 11 No : Kop.Wil. XI/PP.03.2/48k/2004. Dalam proses untuk mendapatkan izin operasional, terjadi perubahan jurusan, program studi dan nama sekolah tinggi.
Sejak Tahun 2006, Sekolah Tinggi Agama Islam Sambas (STAIS) diubah namanya menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Sultan Muhammad Syafiuddin Sambas dengan izin operasional Departemen Agama RI melalui Dirjen Pendidikan Islam (Pendis) dengan Nomor: DJ.II/197/ 2006 tertanggal 22 Juni 2006. Jurusan yang mendapat izin operasional tersebut adalah Jurusan Tarbiyah dengan Program Studi Pendidikan Agama Islam. Dalam hal aspek yuridis formal, selanjutnya STIT mendapatkan izin perpanjangan operasional dari Dirjen Pendidikan Islam (Pendis) Nomor: Dj.I/51/2008 yang berlaku selama lima (5) tahun kedepan. Dengan adanya perpanjangan izin tersebut, maka STIT Sultan Muhammad Syafiuddin Sambas secara legal menerima dan meluluskan mahasiswanya sebagai bentuk sumbangsih dalam meningkatkan mutu/kualitas Sumber Daya Manusia Indonesia, terutama di wilayah Kabupaten Sambas dan sekitarnya.
Kurang lebih empat (4) tahun menjalankan aktivitas pendidikan dengan nama dan program pendidikan di STIT, pada tahun 2010 STIT kemudian beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: Dj.I/200/2010. Sebagai kelanjutan dari alih status dari STIT ke STAI, maka konsekuensinya STAI Sambas pada tahun 2012 membuka empat (4) program studi baru yakni program Studi Hukum Ekonomi Syariah, Perbankan Syariah, Ilmu Qur’an dan Tafsir, dan Sejarah Kebudayaan Islam. Kemudian pada tanggal 9 Juni 2014 STAI berubah status menjadi Institut Agama Islam Sultan Muhammad Syafiuddin berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor: 3178 Tahun 2014.
Berdirinya Institut Agama Islam Sultan Muhammad Syafiuddin Sambas adalah atas rahmat Allah SWT sekaligus keinginan seluruh masyarakat Kabupaten Sambas khususnya dan masyarakat luas pada umumnya yang mendapat dukungan penuh dari pemerintah daerah, dalam upaya mewujudkan masyarakat Kabupaten Sambas yang cerdas dan religius.
Institut Agama Islam Sultan Muhammad Syafiuddin Sambas pada dasarnya adalah Perguruan Tinggi Keagamaan di bawah payung Kementerian Agama RI yang secara akademik mengacu kepada sistem pendidikan nasional. Sistem pendidikan nasional mempunyai tujuan yang harus diwujudkan oleh setiap jenis dan jenjang pendidikan formal, termasuk Perguruan Tinggi Keagamaan, dalam rangka memikul tugas dan tanggung jawab mewujudkan pembangunan masyarakat yang religius dan beradab. Pendekatan ini sesuai dengan karakteristik masyarakat Kabupaten Sambas yang sangat menjunjung tinggi nilai- nilai adat istiadat dan Agama Islam.
Kehadiran Institut Agama Islam Sultan Muhammad Syafiuddin Sambas ini diharapkan dapat menjadi lokomotif penggerak pembangunan di bidang agama dan mencerdaskan spiritual anak bangsa, sehingga menghasilkan sarjana muslim yang utuh keilmuannya dan profesional serta memiliki integritas kepribadian sebagai sarjana yang beradab dan bermartabat dalam menjawab tantangan global. Sebagai sebuah Perguruan Tinggi, IAIS Sambas terbuka bagi lulusan SMA/SMK/MA dari berbagai latar belakang kultur dan budaya, yang tentunya tetap terbuka untuk jalinan kerjasama dengan berbagai perguruan tinggi dan lembaga lain, baik dalam maupun luar negeri dalam upaya peningkatan kualitas akademik. Kurikulum, tenaga pengajar, laboratorium, perpustakaan dan sistem administrasi akademik IAIS Sambas pada umumnya sama dengan Perguruan Tinggi Islam lainnya di Indonesia, yang secara akademik mengembangkan kurikulum berorientasi Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia (KKNI).