LP2M Merupakan unsur pelaksana akademik yang menyelenggarakan kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. LP2M bertugas dalam hal melaksanakan, mengkoordinasikan, memantau dan menilai kegiatan LP2M berdasarkan kebijakan Rektor IAIS Sambas.
Organisasi dan Tatalaksana LP2M adalah sebagai berikut:
a. Ketua
b. Sekretaris
c. Kepala Pusat Studi Gender dan Anak
d. Kepala Pusat Koordinator Studi Melayu
e. Kepala Pusat Studi Halal
f. Kepala Pusat Studi Islam Lintas Negara
g. Kepala Pusat Studi Agama, Masyarakat, Budaya, Adat, dan Sejarah
h. Kepala Pusat Studi Desa, Daerah Tertinggal dan Kawasan Perbatasan
i. Kepala Pusat Studi Ketahanan Nasional, Perdamaian dan Resolusi Konflik
j. Kepala Pusat Studi Hukum, Demokrasi dan Hak Asasi Manusia
k. Kepala Pusat Studi Pengembangan Ekonomi Syariah
l. Kepala Pusat Studi al-Qur’an dan al-Hadits
m. Kepala Pusat Studi Filsafat dan Pemikiran Islam
n. Kepala Pusat Studi Dakwah dan Ilmu-ilmu Sosial
o. Kepala Pusat Pengabdian kepada Masyarakat
p. Kepala Subbagian Tata Usaha

LP2M menjalankan tugas:
a. Merumuskan arah penelitian dan pengabdian yang ditujukan kepada kajian dan pengembangan ilmu pengetahuan, teknologi dan seni dalam rumpun ilmu keagamaan Islam
b. Mengkoordinasikan penelitian untuk mengembangkan konsepsi pembangunan nasional, wilayah dan atau daerah melalui kerjasama antar perguruan tinggi dan atau badan lain, baik di dalam dan di luar negeri
c. Menyelenggarakan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang dilakukan oleh perorangan dan/atau kelompok.
d. Melakukan kegiatan penyebarluasan dan sosialisasi hasil penelitian melalui publikasi ilmiah;
e. Melaksanakan inventarisasi dan pendataan semua aktifitas pelaksanaan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat di IAIS Sambas
f. Menghimpun para peneliti di IAIS Sambas dalam klaster lintas disiplin ilmu
g. Memantau dan menilai pelaksanaan kegiatan pengkajian dan pengembangan penelitian yang diselenggarakan oleh Pusat-Pusat dibawah koordinasinya;