Lambang IAIS Sambas terdiri dari unsur-unsur dengan inti pengertian sebagai berikut:

  • Bentuk lambang adalah persegi lima, melambangkan rukun Islam.
  • Dua ekor kuda laut yang berwarna kuning emas merupakan simbol Kesultanan Sambas dan martabat rumpun Melayu.
  • Konfigurasi matahari melambangkan sinar dan harapan kehidupan.
  • Pena melambangkan ilmu pengetahuan dan teknologi serta seni dan budaya.
  • Al QurĂ¢n dalam posisi terbuka melambangkan pedoman bagi umat Islam dan IAIS Sambas dalam penyelenggaraan pendidikan.
  • Warna dasar hijau muda pada latar belakang, melambangkan keteduhan, kedamaian dan kemakmuran dalam proses melahirkan tunas bangsa. Warna hitam pada garis lengkung melambangkan kekuatan ikatan ukhuwah Islamiah.
  • Warna merah putih pada ujung pita melambangkan kedaulatan dalam wadah Negara Kesatuan Republik Indonesia.
  • Tulisan Institut Agama Islam Sultan Muhammad Syafiuddin nama Perguruan Tinggi.
  • Tulisan Sambas menunjukkan tempat Perguruan Tinggi berada.